運営に伴う経費については、雨水にかかる経費は公費で、汚水にかかる経費は、 利用者からの私費（使用料）で負担することとされています。（「雨水公費・汚水 私費の原則」）
下水道部では安定した下水道サービスのために、下水道料金等で下記の内容の事業を行っています。
１.地震対策事業
大規模な地震である南海トラフ巨大地震に備え、本市では、人命の優先、二次被害 防止及び最低限の下水機能である揚水機能・消毒機能・放流機能を確保するため，施設の重要度・危険度に応じ、段階的に耐震化することを目的に「倉敷市下水道総合地震対策計画（平成 26 年度～平成 35 年度）」に基づき「防災対策」と「減災対策」 を組み合わせて実施していきます。
マンホールトイレ（緊急トイレ）
２.下水道のストックマネジメント
老朽化した下水道管の破損による道路陥没は交通事故を引き起こし、人命にも危険を及ぼす恐れがあることから、壊れてから直す「事後保全型」から壊れる前に直す「予防保全型」へ事業転換しており、適正な維持管理を行っています。
処理場・ポンプ場の施設においてはコンクリート構造物等に比べ耐用年数が短い機械・電気設備を多数抱えるとともに、腐食性ガスにさらされるなど劣悪な環境下に置かれることが多いため、比較的短いサイクルでメンテナンスや更新等が必要となります。
３.浸水対策について
近年の台風の状況やゲリラ豪雨は私たちの生活への脅威となっていますが、下水道は、汚水を排除してきれいにするだけでなく、「浸水の防除」も役割の一つです。
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