平成１８年度から，６５歳以上で前年の合計所得金額が１２５万円以下の方にかかる非課税措置が廃止され，それに伴う経過措置として，平成１７年１月１日現在６５歳以上の方で，前年の合計所得金額が１２５万円以下の方にかかる個人市県民税については，平成１８年度分はその３分の２，平成１９年度分はその３分の１が減額されていましたが，平成２０年度分からは全額課税となります。ただし，寡婦（夫）控除又は障害者控除の要件に該当する方は，前年の合計所得金額が１２５万円以下であれば，申告することで寡婦（夫）又は障害者による非課税措置が適用されます。

「地震災害に対する国民の自助努力による個人資産の保全を促進し，地域災害時における将来的な国民負担の軽減を図る」目的で，損害保険料控除が改組され，支払った地震保険料の２分の１（上限２５，０００円）を控除することができる地震保険料控除が創設されました。なお経過措置として，平成１８年末までに締結した長期損害保険契約（保険期間が１０年以上で満期返戻金のあるもの）については，従前の長期損害保険料控除と同様の計算による金額（上限１０，０００円）を控除することができることとされ，地震保険料と経過措置に係る長期損害保険料の両方を支払っている場合（一の契約に基づくものを除く）には，それぞれの控除額の合計額（上限２５，０００）を控除することができます。（※一の契約に基づき地震保険料及び損害保険料の両方を支払っている場合には，選択により，地震保険料又は長期損額保険料のいずれか一方の控除となります。）

税源移譲で所得税が減少することにより、住宅ローン控除限度額が所得税額より大きくなり、所得税から控除しきれなくなる場合があります。このため、平成１１年から平成１８年までに入居した方に限り、今まで所得税から控除されていた分については、申告により、平成２０年度分以降の住民税の所得割額からも控除する経過措置が設けられています。