国から地方への税源移譲に伴い，市県民税の税率が３段階（５％，１０％，１３％）から一律１０％（市民税６％，県民税４％）に変わります。また退職所得に係る税率も同様に一律１０％に改正されます。なお分離課税等に係る市と県の税率や控除の割合は市：県＝６：４となります。

平成１８年度から，６５歳以上で前年の合計所得金額が１２５万円以下の方にかかる非課税措置が廃止されました。それに伴う経過措置として，平成１７年１月１日現在６５歳以上の方で，前年の合計所得金額が１２５万円以下の方にかかる個人市県民税については，平成１８年度分はその３分の２が減額されていましたが，平成１９年度分はその３分の１が減額されます。なお，平成２０年度分からは全額課税となります。ただし，寡婦（夫）控除又は障害者控除の要件に該当する方は，前年の合計所得金額が１２５万円以下であれば，申告することで寡婦（夫）又は障害者による非課税措置が適用されます。

定率減税とは税額から一定の額を控除する措置で，平成１１年から景気対策のために暫定的な税負担の軽減措置として導入されていました。市県民税では定率減税として，平成１７年度までは所得割額の１５％相当額（限度額４万円），平成１８年度は所得割額の７．５％相当額（限度額２万円）を所得割額から控除していましたが，平成１９年度からはこの定率減税が廃止されます。なお所得税についても，平成１９年分から廃止となります。

税源移譲によって所得税と市県民税を合わせた税負担が変わらないように，所得税と市県民税の人的控除（基礎控除や扶養控除等）の差に応じた一定の額（調整控除額）が市県民税所得割額から減額されます。